3 ім'ям М. І. Костомарова пов'язане заснування і діяльність (1845—1847) славнозвісного в історії України Кирило-Мефодіївського братства, створення програмних документів цієї політичної антиімперської організації.
Наприкінці літа 1845 р. М. І. Костомаров оселяється у Києві. Деякий час він проживав у готелі на Хрещатику, потім — на квартирі у М. І. Гулака, згодом відомого діяча Кирило-Мефодіївського братства. їх часто відвідували В. М. Білозерський, О. В. Маркович — майбутні кирило-мефодіївці. Костомаров відзначав, що їхні дружні бесіди звертались найбільше до ідеї слов'янської спільноти.
4 червня 1846 р. на засіданні ради університету св. Володимира М.І.Костомаров балотувався на посаду ад'юнкта по кафедрі російської історії. Після одностайного обрання він приступив до виконання обов'язків професора кафедри. У цей період учений займався переважно підготовкою лекцій з історії, продовжував писати монографію «Богдан Хмельницький», готував до видання розвідку «Славянская мифология», літопис С. Величка. Але найбільший інтерес викликає маловідома наукова праця М. І. Костомарова з тих часів «Мысли об истории Малороссии», опублікована в журналі "Библиотека для чтения" (Спб., 1846) без підпису, з приміткою «Сообщено из Києва». У цьому творі вперше в українській історіографії детально з'ясовуються хід і сутність історії України, роль українського козацтва, розкриваються зв'язки козацтва з попереднім періодом українського життя, інші аспекти. Особливо цікаві погляди на козацтво органічно пов'язані з відповідними традиціями, соціальними умовами історичного процесу в Україні. Ця наукова розвідка М. І. Костомарова важлива і цікава не тільки як певний крок в генезі його особистих історичних поглядів, але, крім того, як поступ української історичної думки, що знайшла широке відображення в програмі Кирило-Мефодіївського братства.
У літературі протягом десятиліть дискутується питання про авторство програмних документів Кирило-Мефодіївського братства, у тому числі таких основних, як «Книга буття українського народу» та «Статут Слов'янського товариства св. Кирила і Мефодія». Вважаю, що «Мысли об истории Малороссии», крім іншого, яскраво засвідчують безпосередню причетність М. І. Костомарова до створення «Книги буття» та «Статуту». Доказом цього можуть бути його роздуми про загальні питання історії України, особливості мови цієї праці тощо.
Є велика правда в словах друга дитинства Миколи Костомарова, вихователя Олександрівського ліцею Ф. К. Неслуховського про те, що ідея заснування «общества Кирилла и Мефодия, как силы, способной обьєдинить славян», належить М. І. Костомарову. У своїй автобіографії Костомаров відзначав:«Мимо нашей воли стал нам представляться федеративный строй, как самое счастливое течение общественной жизни славянских наций. Мы стали воображать все славянские народы соединенными между собою в федерации, подобно древним греческим республикам, или Соединенным Штатам Северной Америки, с тем, чтобы все находились в прочной связи между собою, но каждая сохраняла свято свою отдельную автономию». Він також повідомив, а це підтверджують і нещодавно опубліковані документи і матеріали слідчої справи Кирило-Мефодіївського товариства, що відповідно до зазначеної вище мети «явилась мысль образовать общество», і ним «начертан был устав такого общества».
Як згадувалося, М. І. Костомарову належить авторство найважливішого програмного твору братства — «Книги буття українського народу». Щодо цього є відповідні свідчення не тільки самого М. І. Костомарова, а й дослідників даного питання, у тому числі М. С. Грушевського, М. С. Возняка та ін. Відомий літературознавець М. С. Возняк у передньому слові до публікації «Книги буття» в 1921 р. відзначав, що саме Костомаров залишив нам цей історичний документ, з якого широкий загал українського народу може познайомитися з ідеями Кирило-Мефодіївського братства. На думку М. Возняка, те, що було «паскудством для царського уряду», залишиться назавжди «незов'ялим квітом в історії визвольного українського руху» і ні історик літератури, ні автор політичної історії України не лишить без уваги цього твору Костомарова з 1846 р., написаного під свіжим враженням «познайомлення з Шевченком, його нецензурними політичними поемами й під впливом розмов з Генієм».
Якщо звернемося до змісту згаданих документів з історії Кирило-Мефоді¬ївського братства, то побачимо, що в числі головних ідей статуту Слов'янського товариства св. Кирила і Мефодія зазначено: «1. Принимаем, что духовное и политическое соединение славян есть истинное их назначение, к которому они должны стремиться... 3. Принимаем, что каждое племя (тобто слов'янська нація.— Ю. П.) должно иметь правление народное и соблюдать совершенное равенство сограждан по их рождению, христианским вероисповеданиям и состоянию». Серед головних правил товариства є таке: «Общество будет стараться заранее об искоренении рабства и всякого унижения низших классов, равным образом и о повсеместном распространении грамотности». Зрештою, «Книга буття українського народу» пропагує вже зовсім незвичну для тогочасної російської дійсності модель державного і суспільного устрою, в якому Україна «буде не підлеглою Річчю Посполитою в союзі слов'янськім» і не зостанеться «ні царя, ні царевича, ні царівни, ні князя, ні графа, ні герцога, ні сіятельства, ні превосходительства, ні пана, ні боярина, ні кріпака, ні холопа ні в Московщині, ні в Польщі, ні в Україні, ні в Чехії, ні у хорутан, ні у сербів, ні у болгар».
Відзначається демократизмом і відозва «Брати українці», написана М. І Костомаровим, інші його твори, у тому числі й художні. Передусім ідеться про поезії тих часів «Діти слави, діти слави, час ваш наступає» та чотиривірш про Новгород, вилучені у нього під час обшуку 28 березня 1847 р. В них співзвучно до думок Т. Г. Шевченка стверджується:
 

Розриваються кайдани                                           
Неволі й неслави.                                                  
Згине, щезне братня свара.                                    
Ворог наш кровавий.    
               * * *
Где ты, Новограда память нетленная,
Слва полунощных стран?
Встань, пробудись, старина незабвенная,
Древняя вольность славян!
                                       

Небезінтересно згадати, що М. І. Стороженко, один з найперших публікаторів вірша «Діти слави, діти слави, час ваш наступає» в журналі «Киевская старина» (1897, № 10) під назвою «Славянам», вважав автором цього твору Т. Г. Шевченка.
На думку М. С. Грушевського, в «Книзі буття» висловлене основне кредо Костомарова: «Автократизм і класовий лад мусять бути знищені! Царство і автократизм викривлюють життя суспільності в самих основах, і суспільність не може відродитись, поки не звільниться від них». М. С. Грушевський у своїй праці «Костомаров і новітня Україна» цитує згаданий твір і після цього пише: «Я вважав потрібним вибрати сі тексти, щоб ясніш представити, який революційний зміст був вміщений в побожну християнську форму сього твору, скільки революційного запалу вложив молодий київський ад'юнкт і яке дійсно пророче привідіння виявив в нім!».
Звичайно, не можна не зважати на те, що вступ до товариства Шевченка справив на його членів революційний вплив. Проте не можна погодитись з тезою про «дві тенденції в товаристві» (революційно-демократичну і ліберально-буржуазну). Такий підхід до характеристики діячів братства, зокрема Костомарова, заперечували Є. П. Кирилюк та інші вчені іще в 40-х роках. Але він все ж набув поширення, особливо після появи 1947 р. сумнозвісних рішень ЦК ВКП(б) і ЦК КП(б)У з питань історії, літератури й мистецтва. Тоді безапеляційно стверджувалося, ш,о «всередині братства були серйозні суперечності і йшла ідейна боротьба». Проте різноманітні матеріали свідчать, що поміж його визначними членами не існувало і не сталося не тільки серйозного, а й найменшого антагонізму, навпаки — вони заприятелювали на все життя.
Творчість Т. Г. Шевченка, безперечно, вплинула на світогляд М. І. Костомарова, на зміст програмних документів та діяльність Кирило-Мефодіївського братства, так само як і наукові студії з історії України, концепція яких лягла в основу програмних документів братства, інші твори М. І. Костомарова не сприймалися байдуже Тарасом Григоровичем. Під час слідства у Петербурзі генерал Л. В. Дубельт говорив про університетські лекції М. І. Костомарова: «А ваши лекции, мой добрый друг,— хороши?!—вишь, какие завиральные идеи! Читали б им [студентам] грамматику да арифметику, а то занесли им какие премудрости!». Серед так званих премудростей, напевне, малася на увазі й концепція історії України М. І. Костомарова.
Постає питання: як співвіднести те, що в своїх творах М. І. Костомаров — демократ, а за визначенням ряду енциклопедичних видань, він — консерватор, автор так званої концепції про «безкласовість» і «безбуржуазність» української нації тощо? Відповідь на нього може бути тільки одна — це не відповідає дійсності. Але завдяки таким перекрученням і протиставлявся світогляд .. І. Костомарова і М. І. Гулака, позиції цих діячів на слідстві тощо. Вивчення матеріалів слідчої справи Кирило-Мефодіївського товариства, доступних зараз усім завдяки публікації Археографічною комісією, спростовує ці твердження. До речі, слідчі справи М. І. Гулака та М. І. Костомарова опубліковані в одному томі, поряд, їх легко співставити і переконатися, що між цими людьми не існувало принципових ідеологічних розбіжностей.
Іще одне. Можна по-людські зрозуміти поведінку М. І. Костомарова на слідстві. Він намагався полегшити долю своїх товаришів і приховував справжні цілі товариства. У листі до О. І. Герцена М. І. Костомаров пояснював, що під час слідства діяльність цього товариства була зображена «велико-возможно извинительном свете», хоч цей безглуздий вимисел і «противоречил всему, что находилось в бумагах арестованных». Справжня ж ідея була прибрана «в светлую форму федеративного союза славян, где бы каждая народность сохраняла свои особенности при всеобщей и личной обшественной свободе».
Позиція, яку зайняв М. І. Костомаров на слідстві, була підтримана, як свідчать архівні документи, усіма членами товариства. Але й досі побутує літературний штамп, згідно з яким М. І. Гулак не сприйняв версії М. І. Костомарова. Це суперечить істині. М. І. Гулак дав коменданту Петропавловської фортеці М. І. Скобелєву такі свідчення: «В исходе 1845 г. и в начала 1846 г. мы точно условились общими силами содействовать к скорейшему соединению всех славянских племен под Русской державой и к распространению в них православия».
То чи ж варто було закидати М. І. Костомарову те, що він у часи, коли ще була жива в пам'яті розправа, учинена у тій же Петропавловській фортеці над декабристами, намагався врятувати себе й своїх товаришів?..
Кирило-мефодіївці стояли біля витоків українського національного руху XIX ст., що базувався на яскраво вираженій федералістській концепції. Ідеї федералізму, що їх розвинув і пропагував М. І. Костомаров, знайшли відображення в програмі заснованого ним з однодумцями таємного політичного товариства, відзначалися міжнародною, в рамках слов'янства, суттю. І немає ніяких підстав демократичний федералізм М. І. Костомарова ототожнювати з іншими його різновидностями, зокрема з національно-державним федералізмом. Костомарівська федералістська концепція згодом знайшла втілення в дослідженнях вченого. Можна сказати, що до класичної історії він прийшов від політики, як раніше — від історії до політики. Саме це і є підставою визначення М. І. Костомарова як першого значного історика-федераліста.
У період активної педагогічної, наукової, політичної діяльності, зближення з Т. Г. Шевченком і захоплення його музою, яка «роздирала завісу народного життя», Костомарова було заарештовано.
Кирило-мефодіївці були покарані. М. І. Костомарова на рік ув'язнили у Петропавловській фортеці, потім заслали до Саратова із забороною «служити по науковій лінії», де він знаходився з червня 1848 по грудень 1855 р. Уряд вважав, що осіб, причетних до справи цього товариства, слід піддати покаранню «без суда, но не сохраняя в тайне решения дела, дабы всем известно было, какую участь приготовили себе те, которые занимались славянством в духе, противном нашему правительству, и даже отвратить других славянофилов от подобного направлення».
Через чверть століття після розгрому Кирило-Мефодіївського братства М. І. Гулак писав М. І. Костомарову: «Прндет время, когда мы будем наслаждаться плодами, взращенными не нами, а в нас, господарь жатвы». Ці слова яскраво засвідчують ідеологічне лідерство в братстві Миколи Костомарова.

За матеріалами книги «Київська старовина»